Jean-David Waeber a étudié l’orgue avec Jean-François Vaucher au Conservatoire de Lausanne puis avec Maurizio Croci à la Haute Ecole de Musique de Lausanne, parallèlement à des études de Lettres à l’Université de Fribourg. Après l’obtention d’un Master d’interprétation, il se perfectionne dans l’étude de la musique ancienne à la Civica Scuola di Musica de Milan avec, principalement, Lorenzo Ghielmi. Il a également suivi des masterclass en Suisse et à l’étranger avec des personnalités comme Luigi Ferdinando Tagliavini, Michael Radulescu, Pieter van Dijk, José Luis Gonzalez Uriol, Maurizio Salerno ou Hans Davidson.
Il est également diplômé dans des domaines voisins de la musique d’orgue comme le chant, l’improvisation et la direction chorale. Jean-David Waeber pratique régulièrement la musique de chambre au clavecin ou à l’orgue et dirige le chœur Oracantat de Sion ainsi que les différents ensembles de la Maîtrise de la cathédrale de cette ville. Dans le cadre de ce poste de directeur musical, il dirige chaque mois un vaste répertoire allant du chant grégorien à ses propres compositions, en passant par les magnifiques cantates de Johann Sebastian Bach. Il dédie une autre grande partie de son temps à l’enseignement et à la formation musicale des jeunes au Lycée-Collège des Creusets de Sion ainsi que dans le cadre de l’Ecole maîtrisienne de la Cathédrale de Sion.